卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种类型，约占80%左右，起初病变只累及一侧卵巢，随着囊肿增大可累及双侧，卵巢巧克力囊肿的常见病因主要有以下几方面。
1.内分泌因素
卵巢较小，深藏于盆腔内，但它是产生卵子并排卵、内分泌激素、平衡内分泌的重要器官，卵巢囊肿多发生于内分泌旺盛的生育年龄，内分泌失调对囊肿形成有重要影响。比如，人们情志不舒可致月经紊乱，体内垃圾不能及时排除，堆积于卵巢形成囊肿。
2.输卵管阻塞
每月卵巢内没有受精的卵泡成为废品垃圾也要排泄出去，靠体内液压把这些垃圾挤出来，如输卵管发生气质型病变，发生堵塞现象，则排不出去的卵子堆积在卵巢内，就形成了巧克力囊肿。
3.性生活频繁
性生活频繁也是导致卵巢巧克力囊肿的重要原因，一般发病多在青春期少女或更期妇女，这与她们频繁性生活有很大关系。
4.流产过多
巧克力囊肿主要是因经期子宫壁脱落的子宫内膜碎片因引流不畅，不能全部从阴道排出，导致少量废液经输卵管向盆腔倒流。多次人工流产后子宫颈口粘连、宫颈口缩小引起排泄障碍，因而发生巧克力囊肿。
