中医认为，卵巢囊肿的发生与脏腑虚弱、气血劳损、七情太过、风冷寒湿等因素有关，治疗应以疏肝理气、扶正因本、活血化瘀、软坚散结、清热解毒为原则，从根本调理气血，活跃肝脾之脏腑，全面改善内分泌系统，进而达到治疗卵巢囊肿的目的。
中药方剂：海藻、白芥子、三棱、苡仁、桃仁、夏枯草、南星、赤芍，具体的药量要根据患者的病情及身体状况而定，并在医生指导下使用。
用法：将上述中药洗净后放入锅中加水煎煮，待药液剩600毫升时即可关火，每次服用300毫升，每日分2次服用，10天为1个疗程，患者在服药1个-2个疗程后需做一次B超检查，如囊肿有缩小趋势，可继续服药直至其彻底消失，如用药3个疗程囊肿仍继续增大，则视为无效，可根据CT检查结果以明确下一步治疗方法。
另外，如患者身体偏虚寒，可在方剂中加入肉桂、炮姜和鹿角胶;如患者偏气虚，可加入黄芪、党参和白术;如患者偏血虚，可加入熟地、点那个鬼和阿胶;如患者偏痰湿，可加入茯苓、苍术;如患者偏血瘀，可加入水蛭、地鳖虫和泽兰。
